网上办理港澳通行证签证的流程：

1、登录出入境网站，按提示要求填好相应内容；

2、在申请的第四个工作日后，可登录网站查询申请是否已受理；

3、申请受理后，可以在第10个工作日后，凭有效的港澳通行证、身份证、申请回执编号到市公安局出入境管理处领取签注网上申请获得审批通过后，要制作签注，必须按规定交费用。

内地居民单独申请往来港澳通行证，需要填写申请表，回答有关询问并提交下列材料：

1、符合《出入境证件相片照相指引》标准的照片；

2、居民身份证原件（身份证件须留存复印件或者电子扫描图片）、未满16周岁交验《居民户口簿》、军人交验军人身份证明；

3、提交或核验指纹信息；

4、在非常住户口所在地申请往来港澳通行证的，提交符合在非常住户口所在地申请条件的证明；

5、军人、登记备案的国家工作人员，提交本人所属单位或者上级主管单位的同意办理出入境证件的函；

6、未实行按需申领护照地区的内地居民，按照有关规定出具相关证明材料。

《中国公民因私事往来香港地区或者澳门地区的暂行管理办法》 第三条

内地公民因私事前往香港、澳门，凭我国公安机关签发的前往港澳通行证或者往来港澳通行证从指定的口岸通行；返回内地也可以从其他对外开放的口岸通行。指定的口岸；往香港是深圳，往澳门是拱北。